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海端鄉衛生所成立於民國35年歸屬當時衛生院，但仍由縣府山地室指揮，至民國50年改隸鄉公所，由鄉長指揮至民國64年恢復由衛生局直接指揮督導。

民國78年經由本鄉鄉民代表會及鄉公所全力配合，提供本所興建辦公廳舍所需的土地，79年新建地上2層之衛生所建築物，81年7月啟用。

98年度由行政院衛生署補助辦理空間規劃整修工程，於99年4月完工。